| title | BioJava:CookBookItaliano:Translation |
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Per tradurre una sequenza di DNA bisogna seguire i seguenti passi:
- Trascriverlo in RNA.
- Dividerlo in triplette.
- Tradurlo in Proteina.
Innanzitutto diciamo che per realizzare questi tre passi basta utilizzare i metodi statici di classi già presenti in Biojava. Il blocco seguente di codice mostra come funziona questa procedura. Ovviamente se si ha già una sequenza di RNA non è necessario trascriverla.
Nota Bene:Se si cerca di dividere in triplette una SymbolList o Sequenza la cui lunghezza non è divisible per tre viene sollevata una IllegalArgumentException. Segui questo link per scoprire come ottenere una porzione di una Sequenza per poi tradurla
public class Translate {
` public static void main(String[] args) {`
` try {`
` //creo una SymbolList di DNA`
` SymbolList symL = DNATools.createDNA("atggccattgaatga");`
` //lo trascrivo in RNA (dopo la versione 1.4 di BioJava questo metodo è deprecato)`
` symL = RNATools.transcribe(symL);`
` //lo trascrivo in RNA (dopo la versione 1.4 di BioJava si usa questo metodo)`
` symL = DNATools.toRNA(symL);`
` `
` //lo traduco in proteina`
` symL = RNATools.translate(symL);`
` //verifico`
` System.out.println(symL.seqString());`
` }catch (IllegalAlphabetException ex) {`
` /* `
` * Questa eccezione viene sollevata se si cerca di trascrivere una sequenza che non è di DNA o tradurre `
` * una sequenza che non è una triplet view di una RNA Sequence.`
` */`
` ex.printStackTrace();`
` }catch (IllegalSymbolException ex) {`
` // Questa invece accade quando non si utilizzano i caratteri IUB per creare una DNA SymbolList`
` ex.printStackTrace();`
` }`
` }`
} ```